Un tout nouveau modèle de torpille doit être testée à bord du sous-marin USS Tiger Shark. Ce prototype est conçu pour s'approcher de sa cible et rester invisible à proximité, en attente de recevoir l'ordre de frapper et détruire. L'essai est supervisé par le développeur du logiciel, un civil nommé Dirk Grover. Le test tourne mal quand la torpille disparaît des écrans radars et que Grover déclare au Commandant que l'engin est désormais sous son contrôle. L 'homme réclame la somme de 40 millions de dollar en or, sans quoi il ordonnera à la torpille de détruire un navire de croisière.
Le lieutenant Harmon Rabb Jr est dépêché sur les lieux avec sa nouvelle coéquipière, le Lieutenant Meg Austin. Ils doivent évaluer la gravité de la menace, et au besoin négocier avec Grover afin d'éviter des pertes civiles. Ils constatent rapidement que le maître-chanteur entend bien aller jusqu'au bout de sa démarche. Afin d'être pris au sérieux, Grover déclenche une explosion dans le sous-marin via son ordinateur, provoquant l'inondation de tout un compartiment.
Harm et Meg tentent de cerner la personnalité de Grover qui affirme devoir entrer régulièrement des instructions sur son ordinateur portable. Les deux enquêteurs poussent leurs investigations. Par ailleurs, Harm découvre que sa nouvelle coéquipière souffre de claustrophobie, il envisage sérieusement de lui retirer l'enquête mais Meg refuse, affirmant qu'elle arrivera à gérer sa phobie et surtout, que son expérience du décryptage est un atout dont ils ne peuvent se passer au vu des circonstances.
Alors que la torpille est dangereusement proche du bateau de croisière, Harm confisque l'ordinateur portable de Grover et le confie à Meg. La jeune femme tente alors de cracker le code pour déactiver l'engin. Mais le temps est compté et Harm décide de tenter le tout pour le tout. Avec la complicité de tout l'équipage, les deux enquêteurs du JAG font croire à Glover que la torpille a fait demi-tour et se dirige droit sur le Tiger Shark. La destruction du sous-marin paraît imminente. Paniqué à l'idée de mourir, Grover révèle à Meg les codes nécessaires pour désactiver l'engin. La torpille explose... à quelques distances derrière le bateau de croisière. Le maître-chanteur comprend qu'il a été dupé.
Le calme est revenu à bord du Tiger Shark qui navigue tranquillement après avoir refait surface. Satisfait des compétences de Meg, Harm l'emmène prendre l'air frais et reconnaît qu'elle devrait faire une bonne coéquipière finalement....
